ciao
a meno di pulire pacchetti che durante qualche aggiornamento sono stati rimossi "per sbaglio" direi che lo puoi usare tranquillamente
ad esempio stamattina mi sono accorto che gthumb era stato rimosso e l'ho reinstallato. Se avessi pulito avrei rimosso la sua configurazione, ma nulla di importante.
La mia è una debian testing come la tua.
ciao